Informace

Část 6: Co jsme se naučili? - Biologie


Pokles nákladů na sekvencování za posledních deset let vedl k potřebě automatizovaných analytických kanálů a většího výpočetního / úložného výkonu, aby bylo možné zvládnout obrovskou záplavu dat generovaných množstvím úsilí o paralelní sekvenování. Dva hlavní úkoly projektů genomu rakoviny do budoucna lze zhruba seskupit do dvou oblastí: charakterizace a interpretace.

Pro charakterizaci se zdá, že stále existuje potřeba systematického měřítka analytických metod (jedním z příkladů jsou křivky ROC - křivky, které ilustrují výkon klasifikátoru s různou hranicí diskriminace). Viděli jsme, že míra mutací rakoviny se u různých typů nádorů liší více než 1 000krát. Také jsme se dozvěděli, že klonální a subklonální mutace by mohly být použity ke studiu vývoje a heterogenity nádoru.

Spuštění analýzy významnosti na výsledcích sekvenování identifikovalo dlouhodobou distribuci významně mutovaných genů. Protože se zabýváme distribucí s dlouhým ocasem, můžeme zvýšit prediktivní sílu našich modelů a detekovat více rakovinotvorných genů integrací více zdrojů důkazů. Musíme však vzít v úvahu, že míry mutací se liší podle původního vzorku, genu a kategorie z každé studie.


Křižovatka mezi placentární a nádorovou biologií: Co jsme se naučili?

Placenta je podobná nádoru a napadá dělohu a její tepny, aby vyživovala plod.

Invaze placenty je přísně kontrolována, zatímco invaze nádoru se této kontrole vyhýbá.

Některé, ne všechny, znaky rakoviny jsou zobrazeny invazivními placentárními trofoblasty.

Hyperinvazivní placenty a trofoblastické neoplázie mají odlišný původ.

Kmenové buňky rakoviny a kmenové buňky trofoblastu sdílejí signální dráhy Wnt.


Cvičné otázky MCAT: biologie

MCAT vám představí 10 pasáží na téma biologie a biochemie a ke každé pasáži položí 4–7 otázek. Otázky se budou týkat čtyř uvedených dovedností, i když ne každá pasáž bude vyžadovat, abyste každou dovednost použili. Zobrazí se také 15 diskrétních otázek, které nejsou spojeny s pasážemi. Ty budou také navrženy tak, aby otestovaly jak vaše vědecké znalosti, tak aplikaci těchto znalostí na základě těchto čtyř dovedností. Další podrobnosti o tom, co potřebujete vědět o celkové struktuře MCAT, najdete zde.

Sekce biologie/biochemie MCAT je hodnocena na zakřivené stupnici 118-132, přičemž medián skóre všech testovaných je nastaven na 125. Neexistuje žádný konkrétní počet správných nebo nesprávných otázek, které by odpovídaly danému škálovanému skóre, každá administrace testu je zakřivena podle úrovně obtížnosti a výkonu testujících v daný den. Skóre pro tuto část testu se zkombinuje s ostatními třemi sekcemi, čímž se získá celkové skóre v rozmezí od 472 do 528.

Cvičné otázky MCAT: biologie

Pacient přichází na pohotovost s astmatickým záchvatem. Pacient byl poslední hodinu hyperventilační a měl pH krve 7,52. Pacientovi je poskytnuta léčba a nezdá se, že by reagoval, ale následné měření pH krve je 7,41. Proč by toto normální pH krve NEMĚLO být uklidňujícím znakem?
A. Ledviny pacienta mohou kompenzovat alkalemii.
B. Normální hodnota pH krve je pravděpodobně nepřesná.
C. Pacient může upadnout do respiračního selhání.
D. Krev pacienta by se v ideálním případě měla na nějakou dobu okyselit, aby se kompenzovala alkalémie.

Správná odpověď je: C
Pokud pacient s astmatickým záchvatem nereaguje na léčbu a hyperventiluje déle než hodinu, může být unavený a nemusí si udržovat hyperventilaci. V takovém případě pacient začne snižovat dechovou frekvenci a nedostává dostatek kyslíku. V širším smyslu je oxid uhličitý zachycen v krvi a pH začíná klesat. Navzdory skutečnosti, že toto pH je v tuto chvíli normální, tento pacient havaruje a v blízké budoucnosti může začít prokazovat acidémii. Zatímco ledviny by měly kompenzovat alkalemii, je to pomalý proces a během hodiny by to normalizovalo pH krve, adekvátní kompenzace ledvinami by ve skutečnosti byla uklidňujícím znamením, které by eliminovalo volba (A). Neexistuje žádný důkaz, který by věřil, že měření bylo nepřesné, což eliminovalo volba (B). Konečně, po léčbě by se měl pacient vrátit k normálnímu pH krve s adekvátní ventilací a neočekává se, že bude nadměrně kompenzovat tím, že se stane acidickým, což eliminuje volba (D).

Předpokládejme, že u savčích druhů je alela pro černé vlasy (B) dominantní pro alelu pro hnědé vlasy (b) a alela pro kudrnaté vlasy (C) je dominantní pro alelu pro rovné vlasy (c). Když je organismus neznámého genotypu zkřížen s tělem s rovnými, hnědými vlasy, fenotypový poměr je následující:
25% kudrnaté černé vlasy
25% rovné černé vlasy
25% kudrnaté hnědé vlasy
25% rovné hnědé vlasy
Jaký je genotyp neznámého rodiče?
A. BbCC
B. bbCc
C. Bbcc
D. BbCc

Správná odpověď je: D

V tomto dihybridním problému je dvakrát recesivní jedinec zkřížen s jedincem neznámého genotypu, který je známý jako testovací kříž. Organismus s rovnými a hnědými vlasy má genotyp bbcc a může tedy produkovat pouze gamety nesoucí bc. Při pohledu na potomky F1 je fenotypový poměr 1: 1: 1: 1. Skutečnost, že u potomků jsou přítomny jak dominantní, tak recesivní znaky, znamená, že neznámý rodičovský genotyp musí obsahovat dominantní i recesivní alely pro každý znak. Neznámý rodičovský genotyp proto musí být BbCc. Pokud chcete odpověď znovu zkontrolovat, můžete vypracovat Punnettův čtverec pro kříž BbCc × bbcc:

Strategické tipy MCAT

Přestože návrháři MCAT poskytnou fyziologická fakta a čísla, neočekává se, že byste to měli vědět před složením zkoušky. Vaše praxe MCAT bude vyžadovat schopnost vidět stejné koncepty, jaké jste se naučili ve svých pregraduálních přípravných kurzech ve velmi definovaném a izolovaném prostředí-aplikovaném v cizím oboru na integrované vědy.

Souhra vědeckých oborů (tj. Jak vaše znalosti z fyziky nebo chemie informují o vašem chápání fungování orgánu) je zásadní pro váš úspěch jak v novém MCAT, tak jako budoucím lékaři. Lidské tělo je sítí vzájemně závislých fyzikálních, chemických a biologických procesů a MCAT měří vaši schopnost tato spojení vytvořit.

Znalost vzorců a reakcí je nezbytná pro úspěch na MCAT, ale v žádném případě nebude dostačující. Úspěch se dostaví pouze praxí, proto uvádíme několik tipů:

Tip 1: Při studiu „fyzikální“ vědy si promyslete všechny její biologické aplikace.

Použijme například redukci a oxidaci. Víme, že lev LEO říká GER (ztráta elektronu je oxidace a zisk voleb je redukce). Proto když kov ztrácí nebo získává elektrony, buď se oxiduje nebo redukuje.

Nezastavujte se tam. ReDox, který se vyskytuje v elektronovém transportním řetězci, kde NADH ztrácí elektron na ETC a oxiduje - hádáte správně -, je přesně stejný koncept. NAD+ je produkt oxidace NADH, stejně jako Ag+ je oxidovaný produkt Ag. Je to úplně stejná věda. Nenechte se tedy zmást tím, že jste se to naučili na dvou různých místech.

Tip 2: Vědeckých faktů je konečný počet.

Něco pravdy je na tvrzení, že většina biologie má kořeny v chemii a fyzice. Vezměte si například bílkoviny. Myslíme na ně jako na biologické molekuly, protože v těle plní tak významnou roli. Ve skutečnosti nejsou ničím jiným než velmi specifickým strukturálním uspořádáním uhlíku, dusíku, kyslíku, vodíku a někdy i síry.

Způsob, jakým jsou navzájem spojeny, je pomocí spojovacího orbitálu - stejně jako o těch, o kterých jste se dozvěděli v obecné chemii. Skládají se do specifických tvarů kvůli přitažlivosti a odpuzování aminokyselin v jejich sekvenci. Jsou to stejné přitažlivosti a odpudy jako v chemii. Samotné proteiny jsou kódovány z RNA, která je kódována z DNA. RNA a DNA jsou jen chemické molekuly se stejnými vlastnostmi, o kterých jste se dozvěděli v chemii.


Základní hodnoty nástroje Společenství

Začneme hodnotami, protože, jak jsme vysvětlili, jsou obvykle základem práce, kterou děláme. Naše hodnoty jsou odrazem způsobu, jakým každý z nás vidí a oslovuje svět.

Ačkoli se hodnoty mohou a mění, jak lidé rostou a učí se, existuje několik základních hodnot, které většina lidí zastává: potřeba chránit a zachovat například lidský život nebo odpovědnost dospělých za péči o děti. Tyto a řadu dalších hodnot zastává většina lidí ve většině společností a jsou často základem zákonů a sociálních norem.

Zde jsou některé z hodnot za nástrojem Community Tool Box:

Každý má právo na slušnou kvalitu života. To je základní hodnota pro většinu lidí zapojených do zdraví a rozvoje komunity. Tuto hodnotu ztělesňuje Ottawská charta pro podporu zdraví, politické prohlášení vydané první mezinárodní konferencí o podpoře zdraví sponzorované Světovou zdravotnickou organizací (Ottawa, Kanada, 1986). Uvádí, že předpoklady pro zdraví v komunitě jsou mír, přístřeší, dostatek jídla, přiměřený příjem na podporu jednotlivců a rodin, stabilní ekosystém, udržitelné zdroje, sociální spravedlnost a spravedlnost.

Každý si zaslouží respekt a stejnou pozornost.

Chovat se k lidem s respektem a ohleduplností neznamená, že s nimi nemůžete nesouhlasit nebo dokonce bojovat proti tomu, co se snaží dělat. Spíše to znamená, že byste k nim měli přistupovat jako k sobě rovným, kteří si myslí, že mají pravdu, než je označovat nebo s nimi zacházet jako se zlými nebo hloupými.

Jakákoli komunitní práce nebo výzkum by měl mít konečný cíl být užitečný při zlepšování životů lidí, zejména životů těch nejpotřebnějších a/nebo nejméně silných. Nemá smysl výzkum nebo akce v oblasti zdraví a komunitní práce, pokud nepřispívá ke kvalitě života v komunitě a/nebo ve světě. Znalosti jsou nesmírně důležité, ale nezáleží na tom, pokud s nimi nic neuděláte.

Vzhledem k inherentním předsudkům, které všichni máme, někteří jim rozumíme a někteří jsme si vědomi, je pro nás zásadní neustále zvyšovat povědomí o našich předsudcích a zajistit, aby neodporovaly hodnotám vyššího řádu, o nichž se dříve hovořilo, jako je zajištění respektování všech lidí. .

Spravedlnost požaduje, aby každý, koho se týká výzkum nebo problém - všechny zúčastněné strany - měl možnost buď přímé účasti, nebo zastoupení při plánování, provádění a analýze výsledného výzkumu nebo intervence. Komunitní práce v jakékoli oblasti by měla být o vytváření nových situací s postiženými lidmi, ne o dělání věcí pro nebo na jim.

Tato práce není o moci, ale o veřejném blahu. Moc a vedení, pokud to zcela neohrožuje účel práce, by proto měly být sdíleny co nejvíce.


B) & emsp Přístupy k procesu psaní sekce 𠆍iskuse ’:

1. Jak by měly být konstruovány hlavní body sekce 𠆍iskuse ’?

Délka sekce 𠆍iskuse ‘ by obecně neměla překročit součet ostatních sekcí (ı úvod, materiál a metody a výsledky) a měla by být vyplněna do 6 𠄷 odstavců .. Každý odstavec by neměl obsahovat více než 200 slov, a proto by slova měla být počítána opakovaně. Sekci 𠆍iskuse ’ lze obecně rozdělit na 3 samostatné odstavce jako. 1) Úvodní odstavec, 2) Mezilehlé odstavce, 3) Závěrečný odstavec.

Úvodní odstavec obsahuje hlavní myšlenku provedení předmětné studie. Bez opakování části ‘Úvod ’ rukopisu je analyzován problém, který je třeba řešit, a jeho aktualizovatelnost. Úvodní odstavec začíná nepopiratelnou větou a pokračuje částí, která se zabývá následujícími otázkami jako: 1) Na jaký problém se musíme soustředit, diskutovat nebo upřesnit? 2) Jaká řešení lze doporučit k vyřešení tohoto problému? 3) Jaký bude nový, odlišný a inovativní problém? 4) Jak naše studie přispěje k vyřešení tohoto problému Úvodní odstavec v tomto formátu je užitečný pro to, aby se čtenář dostal do zbytku části diskuze. Shrnutí základních zjištění experimentálních studií v prvním odstavci je však obecně doporučeno redakcí časopisu. [5]

V posledním odstavci části Diskuse “strong points ” studie by mělo být uvedeno pomocí 𠇌onstrained ” a “not příliš silně asertivní ” prohlášení. Uvedení omezení studie bude odrážet objektivitu autorů a poskytne odpovědi na otázky, které budou směřovat recenzenty časopisu. Na druhou stranu v posledním odstavci lze zdůraznit budoucí směry nebo potenciální klinické aplikace.

2. Jak by měly být formulovány mezilehlé odstavce části Diskuse?

Čtenář prochází testem nudy při čtení odstavců části Diskuse kromě úvodních a posledních odstavců. Zde jsou diskutována spíše vaše zjištění než zjištění ostatních badatelů. Předchozí studie mohou být vysvětlením nebo posílením vašich zjištění. Každý odstavec by měl obsahovat názory ve prospěch nebo proti projednávanému tématu, kritická hodnocení a body učení.

Náš přístup k řízení mezilehlých odstavců je 𠇍ivide and conquer ” tactics. V souladu s tím jsou zjištění studie stanovena v pořadí podle jejich důležitosti a pro každé zjištění je vytvořen odstavec (obrázek 1). Každý odstavec začíná úvodní větou “indisputable ” o tématu, které má být projednáno. Tato věta v zásadě může být odpovědí na otázku 𠇌o jsme našli? ” Poté je napsána věta spojená s předmětem, který má být probrán. Následně ve světle současné literatury je toto zjištění diskutováno, jsou odhaleny nové myšlenky na toto téma a odstavec končí závěrečnou poznámkou.

V tomto odstavci by mělo být zdůrazněno hlavní téma, aniž by se šlo do podrobností. Mělo by být uvedeno jeho místo a význam mezi ostatními studiemi. Během tohoto postupu by však studie měly být prezentovány v logickém sledu (tj. Z minulosti do současnosti, od několika do mnoha případů) a měly by být zdůrazněny aspekty studie, které jsou v rozporu s jinými studiemi. Výsledky bez podpůrných důkazů nebo nejednoznačných výsledků by neměly být psány. Kromě číselných hodnot uvedených v části Výsledky by se nemělo opakovat, pokud to není požadováno.

Kromě toho položení následujících otázek a hledání jejich odpovědí ve stejném odstavci usnadní psaní odstavce. [1] 1) Může být diskutovaný výsledek falešný nebo neadekvátní? 2) Proč je to falešné? (neadekvátní zaslepení, kontaminace protokolů, ztráta následných opatření, nižší statistická síla studie atd.), 3) Jaký význam tento výsledek sděluje?

3. Jaké jsou nejčastější chyby při psaní sekce Diskuse ?:

Pravděpodobně nejdůležitější chybou při psaní sekce Diskuse je potřeba zmínit všechny odkazy na literaturu. Je třeba si uvědomit, že nepíšeme recenzní článek a měli bychom diskutovat pouze o výsledcích souvisejících s tímto odstavcem. Mezitím by mělo být každé slovo odstavců spočítáno a pečlivě umístěno. Každé slovo, jehož odstraněním se nezmění význam, by mělo být z textu odstraněno. ” Psaní ságy pomocí “word salátů ” *** je jedním z důvodů rychlého odmítnutí. Pokud si recenzent myslí, že je obtížné opravit sekci Diskuze, použije svůj hlas ve směru zamítnutí, aby ušetřil čas (Jednotné požadavky na rukopisy: Mezinárodní výbor redaktorů lékařských časopisů [http: // www .icmje.org/urm_full.pdf])

Další důležitou chybou je dávat příliš mnoho odkazů a bezvýznamnost mezi odkazy a sekci s těmito citovanými odkazy. [3] Při odkazování na tyto studie (kromě úvodních vět spojujících nesporné věty nebo odstavce) je třeba citovat původní články. Abstrakty by neměly být uváděny a recenze by neměly být citovány, pokud nejsou příliš vyžadovány.

4. Jakým bodům je třeba věnovat pozornost při psaní pravidel a gramatice?

Stejně jako v případě celého článku by měl být text části Diskuze napsán jednoduchým jazykem, jako bychom mluvili s naším kolegou. [2] Každá věta by měla označovat jeden bod a neměla by přesáhnout 25 � slov. Výše uvedené informace, které spojovaly předchozí větu, by měly být umístěny na začátek věty, zatímco nové informace by měly být umístěny na konci věty. Při stavbě vět se vyhněte zbytečným slovům a je třeba používat spíše aktivní než pasivní hlas. **** Protože ve vědeckých rukopisech psaných v tureckém jazyce se běžně používá pasivní hlas, výše uvedené tvrzení je v rozporu s našimi psacími návyky. Člověk by se však neměl zdržovat začínání vět slovem “we ”. Redaktoři časopisu skutečně doporučují používat aktivní hlas, aby se zvýšila srozumitelnost rukopisu.

Na závěr je důležité si uvědomit, že rukopis by měl být napsán v souladu se zásadami jednoduchosti, jasnosti a efektivity. Ve světle těchto zásad, jako je tomu v naší každodenní praxi, lze všechny součásti rukopisu (IMRAD) psát souběžně. V sekci 𠆍iskuse ’ ‘rozdělení a dobytí ’ taktika pozoruhodně usnadňuje proces psaní diskuse. Na druhou stranu relevantní nebo irelevantní zpětná vazba od našich kolegů může přispět k dokonalosti rukopisu. Nezapomeňte, že žádný z rukopisů není dokonalý a neměli byste se zdržet psaní kvůli jazykovým problémům a s tím spojeným nedostatkem zkušeností.


Lekce 3: Opatření rizika

Míra dopadu na veřejné zdraví se používá k zařazení asociace mezi expozicí a výsledkem do smysluplného kontextu veřejného zdraví. Zatímco míra asociace kvantifikuje vztah mezi expozicí a nemocí, a tak začíná poskytovat vhled do kauzálních vztahů, měřítka dopadu na veřejné zdraví odrážejí zátěž, kterou expozice přispívá k četnosti onemocnění v populaci. Dvě často používaná měřítka dopadu na veřejné zdraví jsou přičitatelný poměr a účinnost nebo účinnost.

Přiřaditelný podíl

Definice přiřazitelného podílu

Přiřaditelný podíl, známý také jako přiřaditelné procento rizika, je měřítkem dopadu příčinného faktoru na veřejné zdraví. Výpočet tohoto opatření předpokládá, že výskyt onemocnění v neexponované skupině představuje základní nebo očekávané riziko pro toto onemocnění. Dále předpokládá, že pokud je riziko onemocnění v exponované skupině vyšší než riziko v neexponované skupině, lze rozdíl připsat expozici. Přičitatelný podíl je tedy množství onemocnění v exponované skupině, které lze připsat expozici. Představuje očekávané snížení onemocnění, pokud by bylo možné expozici odstranit (nebo by nikdy neexistovala).

Vhodné použití přiřaditelného podílu závisí na jediném rizikovém faktoru, který je za určitý stav zodpovědný. Pokud může docházet k interakci více rizikových faktorů (např. Fyzická aktivita a věk nebo zdravotní stav), nemusí být toto opatření vhodné.

Metoda výpočtu přiřaditelného podílu

Přičitatelný podíl se vypočítá následovně:

Riziko pro exponovanou skupinu a mínus riziko pro neexponovanou skupinu Riziko pro exponovanou skupinu

Přiřaditelný podíl lze vypočítat pro sazby stejným způsobem.

PŘÍKLAD: Výpočet přiřazitelného podílu

V jiné studii kouření a rakoviny plic byla úmrtnost na rakovinu plic mezi nekuřáky 0,07 na 1 000 osob ročně. (14) Úmrtnost na rakovinu plic u osob, které vykouřily 1 & ndash14 cigaret denně, činila 0,57 úmrtí na rakovinu plic na 1 000 osob ročně. Vypočítejte přiřaditelný podíl.

Přičitatelný poměr = (0,57 a mínus 0,07) & frasl 0,57 a krát 100% = 87,7%

Vzhledem k prokázané příčinné souvislosti mezi kouřením cigaret a rakovinou plic a za předpokladu, že jsou skupiny ve všech ostatních ohledech srovnatelné, by se dalo říci, že asi 88% rakoviny plic u kuřáků s 1 14 cigaretami denně lze přičíst jejich kouření. Ke zbývajícím 12% případů rakoviny plic v této skupině by stejně došlo.

Účinnost vakcíny nebo účinnost vakcíny

Účinnost vakcíny a účinnost vakcíny měří úměrné snížení případů mezi očkovanými osobami. Účinnost vakcíny se používá, pokud je studie prováděna za ideálních podmínek, například během klinického hodnocení. Účinnost vakcíny se používá, pokud je studie prováděna za typických terénních (tj. Méně než dokonale kontrolovaných) podmínek.

Účinnost/účinnost vakcíny (VE) se měří výpočtem rizika onemocnění u očkovaných a neočkovaných osob a stanovením procentního snížení rizika onemocnění u očkovaných osob ve srovnání s neočkovanými osobami. Čím větší je procentuální snížení onemocnění u očkované skupiny, tím větší je účinnost/účinnost vakcíny. Základní vzorec je zapsán jako:

Riziko u neočkované skupiny a minus riziko u očkované skupiny Riziko u neočkované skupiny

V prvním vzorci se čitateli (riziko mezi neočkovanými a minus riziko mezi očkovanými) někdy říká rozdíl v riziku nebo nadměrné riziko.

Účinnost/účinnost vakcíny je interpretována jako úměrné snížení onemocnění mezi očkovanou skupinou. VE 90% tedy znamená 90% snížení výskytu onemocnění u očkované skupiny nebo 90% snížení počtu případů, které byste očekávali, pokud nebyli očkováni.

PŘÍKLAD: Výpočet účinnosti vakcíny

Vypočítejte účinnost vakcíny z údajů o planých neštovicích v tabulce 3.13.

VE = (42,9 a mínus 11,8) & frisl 42,9 = 31,1 & frasl 42,9 = 72%

Alternativně VE = 1 a minus RR = 1 a minus 0,28 = 72%

Očkovaná skupina tedy zažila o 72% méně případů planých neštovic, než by měla, kdyby nebyla očkována.