Informace

Objasnění taxonu (množné taxony)


Pokud mám pravdu, pak jakákoli kategorie umístěná na jakémkoli místě v taxonomické hierarchii je taxon. Například Panthera, Mammalia, Solanaceae atd. Jsou však za taxony považovány také obecná skupina organismů (neformální skupiny, které nejsou biologicky definovány jako ptáci, kočky, ryby)? Prosím upřesněte.


Definice taxonu (z glosáře ICZN):

Taxonomická jednotka, pojmenovaná či nikoli: tj. Populace nebo skupina populací organismů, o nichž se obvykle předpokládá, že jsou fylogeneticky příbuzné, a které mají společné znaky, které odlišují (qv) jednotku (např. Geografická populace, rod, rodina, objednávka) od jiných takových jednotek. Taxon zahrnuje všechny zahrnuté taxony nižších úrovní (qv) a jednotlivé organismy. Kodex plně upravuje názvy taxonů pouze mezi řadami nadrodin a poddruhů včetně.

Ptáci se nazývají Aves a to je taxon. Kočky spadají pod Felidae. Ptáte -li se - „Je hovorový/lidový název považován za taxon“. Skupinu organismů lze možná označit hovorovým názvem, pokud nemají žádný vědecký název, ale v tomto případě jsou tyto taxony dobře definovány standardním vědeckým názvem (podle kódů nomenklatury, jako jsou ICBN, ICZN atd.).

„Kočka“ tedy není taxon, ale kočky spadají pod taxon zvaný „Felidae“.

V některých případech nejsou určité skupiny ani skutečnými klady. Klade je monofyletická skupina, tj. Všichni její členové mají společného předka. Skupina - plazi, není clade.


Objasnění taxonu (množné taxony) - biologie


Carolus Linnaeus

Taxonomie - stádium klasifikace organismů

Taxonomové jsou vědci, kteří studují klasifikaci

Taxon (taxa-množné číslo) je kategorie, do které jsou zařazeny příbuzné organismy

Ukazuje evoluční vztahy

Přesně a rovnoměrně pojmenovává organismy

Zabraňuje nesprávnému pojmenování, jako jsou hvězdice a medúzy, které ve skutečnosti nejsou ryby

Pro všechna jména používá stejný jazyk (latinka)

Zabraňuje zdvojování jmen, protože všechna jména musí být schválena mezinárodními kongresy pro pojmenování (International Zoological Congress)

Řídí se pravidly pojmenování nazývanými Mezinárodní kód pro binomickou nomenklaturu

Aristoteles byl prvním taxonomem, který rozdělil organismy na obyvatele pevniny, moře a vzduchu

John Ray byl první, kdo pro pojmenování použil latinu

Linnaeus vyvinul moderní systém pojmenování známý jako binomická nomenklatura, dvouslovné jméno (Genus & amp species)

Vědecké názvy by měly být psány kurzívou nebo podtrženy při psaní

Rodové jméno vždy používejte jako velké, ale druh pište malými písmeny

Vědecký název pro člověka je Homo sapiens

Název rodu může být zkrácen, ale nikoli druh (H. sapiens)

Linnaeus umístil organismy do příbuzných skupin nazývaných taxony (taxon-singulární) na základě jejich morfologie (podobná struktura a funkce zesilovače)

Nejširší taxon se nazývá království

Linnaeus vložil všechny organismy do jednoho ze dvou království --- Plantae nebo Animalia

Dalších šest taxonů od nejširších po nejspecifičtější jsou --- druhy Phylum, Class, Order, Family, Rod, & amp;

Věta, která pomůže tyto taxony zapamatovat, zní --- "King P hillip C ame O ver F or G ooseberry S oup."

Každý taxon je správné podstatné jméno a kromě druhů by mělo být použito velké písmeno

Každá úroveň nebo taxon seskupuje organismy, které mají více vlastností než výše uvedená úroveň

Botanici používají pro klasifikaci rostlin místo rozdělení kmen

Rostlinné druhy se dělí na odrůdy, zatímco bakterie se dělí na kmeny

Základ pro moderní taxonomii:

Moderní taxonomové klasifikují organismy na základě jejich evolučních vztahů

Homologní struktury mají stejnou strukturu, ale různé funkce a zesilovače mají společné předky

Kosti v netopýřím křídle, lidské paži, ploutvi tučňáka jsou stejné (homologní), ale funkce je odlišná

Analogické struktury mají stejnou funkci, ale různé struktury a zesilovače nevykazují blízký vztah (křídlo hmyzu a ptačí křídlo)

Podobnost ve vývoji embryí ukazuje blízký vztah (všechna embrya obratlovců mají štěrbiny ocasu a žaber)

Podobnost proteinů a sekvencí aminokyselin v DNA a amp ukazuje podobné organismy

Moderní taxonomický systém:

Moderní taxonomie využívá šest království --- Archaebacteria, Eubacteria, Protista, Fungi, Plantae, & amp Animalia

Archaebacteria & amp Eubacteria jsou jednobuněčné prokaryoty postrádající jádro, zatímco Protista, Fungi, Plantae a amp Animalia jsou všechny eukaryoty s organelemi vázanými na jádro a zesilovač

Všichni členové Plantae & amp Animalia jsou mnohobuněčné organismy

Fungi & amp Animalia jsou heterotrofy, zatímco Plantae jsou autotrofy schopné vyrobit si vlastní jídlo

Archaebacteria žijí v drsném prostředí, jako jsou velmi slaná jezera, střeva savců a horké, sirné prameny a zesilovače mohou být autotrofní nebo heterotrofní

Eubakterie jsou skutečné bakterie, z nichž některé způsobují onemocnění

Protista jsou převážně jednobuněční s několika mnohobuněčnými organismy a mohou být autotrofní (Euglena) nebo heterotrofní (Ameba)

Houby zahrnují mnohobuněčné houby, plísně, jednobuněčné kvasinky atd. A amp jsou absorpční heterotrofy (strávte potravu a poté ji absorbujte)

Animalia jsou požírající heterotrofy, které přijímají potravu a pak ji tráví uvnitř svých mnohobuněčných těl.

Plantae zahrnuje všechny rostliny a amp jsou jediným mnohobuněčným, autotrofním královstvím

Fylogeneze (evoluční historie):

Fylogenetické stromy jsou větvící diagramy ukazující, jak jsou organismy příbuzné

Fosilní záznamy pomáhají navazovat vztahy na fylogenetickém stromu

Organizuje živé věci na základě jejich vývoje (systematika)

Společný předek je zobrazen na základně stromu

Většina moderních organismů je zobrazena na špičkách větví

Pokaždé, když se větev rozdělí na menší větev, vyvine se nový druh

Cladogramy ukazují, jak jsou organismy příbuzné, na základě sdílených odvozených vlastností, jako je peří, vlasy, šupiny atd.

Na základě porovnání sekvencí ribozomální RNA v různých organismech k určení původu

Všechny organismy byly umístěny do tří širokých skupin nazývaných domény

Doména Archaea (království Archaebacteria) obsahuje chemosyntetické bakterie žijící v drsném prostředí

Domain Bacteria (království Eubacteria) obsahuje všechny ostatní bakterie, včetně těch, které způsobují onemocnění

Doména Eukarya (království Protista, Fungi, Plantae a amp Animalia) obsahuje všechny eukaryotické organismy


Omezení fylogenetických stromů

Může být snadné předpokládat, že bližší příbuzné organismy vypadají více podobně, a přestože tomu tak často je, není to vždy pravda. Pokud se dvě úzce související linie vyvinuly za výrazně odlišného prostředí nebo po evoluci nové zásadní adaptace, je možné, že se tyto dvě skupiny budou zdát odlišnější než jiné skupiny, které nejsou tak úzce příbuzné. Například fylogenetický strom v [odkaz] ukazuje, že ještěrky a králíci mají amniotická vajíčka, zatímco žáby ještě nemají ještěrky a žáby vypadají podobněji než ještěrky a králíci.


Dalším aspektem fylogenetických stromů je to, že pokud není uvedeno jinak, větve nepočítají s délkou času, pouze s evolučním řádem. Jinými slovy, délka větve obvykle neznamená, že uplynul více času, ani krátká větev neznamená méně času - pokud to není uvedeno v diagramu. Například v [odkaz] strom neuvádí, kolik času uplynulo mezi vývojem plodových vajec a vlasů. Strom ukazuje, v jakém pořadí se věci děly. Strom opět pomocí [odkaz] ukazuje, že nejstarším znakem je páteř, následují sklopné čelisti atd. Pamatujte, že jakýkoli fylogenetický strom je součástí většího celku a jako skutečný strom neroste pouze jedním směrem po vývoji nové větve. Takže pro organismy v [odkaz] to, že se vyvinula páteř, neznamená, že evoluce bezobratlých ustala, znamená to pouze, že se vytvořila nová větev. Také skupiny, které nejsou v blízkém vztahu, ale vyvíjejí se za podobných podmínek, se mohou navzájem více podobat fenotypu než blízkému příbuznému.


Navštivte tento web a podívejte se na interaktivní cvičení, která vám umožní prozkoumat evoluční vztahy mezi druhy.


Objasnění taxonu (množné taxony) - biologie

A taxon (množné číslo: taxony) je skupina (jednoho nebo více) organismů, které taxonom považuje za jednotku. Obvykle a taxon dostává jméno a hodnost, ačkoli ani jedno není podmínkou. Definování toho, co do takové taxonomické skupiny patří nebo nepatří, provádí a.
Celý článek >>>

taxon () č. Biologie. , pl. taxony . Taxonomická kategorie nebo skupina, jako je kmen, řád, rodina, rod nebo druh. je největší taxon ve vědě? Přečíst.
Celý článek >>>

Elvis taxon V paleontologii Elvis taxon (množné číslo Elvis taxony ) je taxon který byl mylně identifikován jako znovu objevený ve fosilním záznamu
Celý článek >>>

Definice taxon z online slovníku Merriam-Webster se zvukovými výslovnostmi, tezaurem, slovem dne a slovními hrami.
Celý článek >>>

Jiné jméno pro taxon je taxonomická jednotka. . Taxon označuje konkrétní taxonomické seskupení organismů. . www.newworldencyclopedia .org/entry/Taxon .
Celý článek >>>

Obvykle a taxon dostává jméno a hodnost, ačkoli ani jedno není podmínkou. . Citováno z "http: //psychology.wikia .com/wiki/Taxon" .
Celý článek >>>

Taxon souhrn se 2 stránkami záznamů encyklopedie, esejů, shrnutí, informací z výzkumu a dalších. . Taxon : Biologická psychologie. 25 slov, cca. 1 stránky.
Celý článek >>>

Taxon - Definice Taxon na Dictionary.com bezplatný online slovník s. Pravidla pro pojmenování různých taxony jsou provincií biologické nomenklatury (q.
Celý článek >>>

Informace o taxon ve bezplatném online anglickém slovníku a encyklopedii. . taxon. taxonomer. taxonomické. taxonomická kategorie. taxonomická skupina.
Celý článek >>>

Taxon. ISSN 0040-0262. navštivte domovskou stránku publikace. Taxon v roce 2005 byly vydány problémy s elektronickými zády (1950-2001). Předložení rukopisů: www.taxon .
Celý článek >>>

(Přesměrováno z Taxon (deník) Přejít na: navigace, hledání. Oba taxonomický deník Taxon a série Regnum Vegetabile jsou publikovány IAPT. .
Celý článek >>>

Profil MySpace Music pro taxon. Stažení taxon Nezávislé / rockové / experimentální hudební singly, sledujte hudební videa, poslouchejte streamované mp3 zdarma a čtěte zesilovače taxonů blog.
Celý článek >>>

. kombinující vědecký název taxon se zdrojem, ve kterém se objevil. . Oddělené klasifikace na základě taxony respektive clades vám nabízejí rovnoměrné.
Celý článek >>>

IAPT - Mezinárodní asociace systematiky rostlin. TAXON je časopis Mezinárodní asociace pro taxonomii rostlin a je.
Celý článek >>>

Taxony. Kmen, v biologii, hlavní kategorie, příp taxon, organismů s a. Taxon - Wikipedie, encyklopedie zdarma. Publikace IngentaConnect: Taxon .
Celý článek >>>

Psychologický výzkum, informace, analýzy a recenze z psychologických časopisů, novin a časopisů na HighBeam.com. Zkušební verze zdarma, nutná kreditní karta.
Celý článek >>>

Definice taxon - Náš online slovník má taxon informace z The. Milovaná manželka 58 let zesnulému Saulovi Taxon. .
Celý článek >>>

Získejte informace, fakta a obrázky o taxon na Encyclopedia.com. . Z. taxon. Domů & gt. & gt Věda a technologie & gt Biologie a genetika & gt. taxon .
Celý článek >>>

. informace o Taxon . Když taxon je správně pojmenován latinským názvem, je také. A taxon bude členem jedné z následujících úrovní.
Celý článek >>>


Co je to taxonomie?

Na světě existuje mnoho rostlin a živočichů rozmanité povahy. Není možné, aby někdo o každém z nich věděl zvlášť. Organismy (tj. Rostliny a zvířata) jsou tedy vědecky uspořádány do různých taxonů (množných taxonů) na základě jejich podobností a odlišností. Proces. uspořádání organismu do různých taxonů se nazývá klasifikace. Věda o klasifikaci se nazývá Taxonomie. Existují různé základy klasifikace. Přirozená nebo moderní klasifikace je použitelnější ve srovnání s ostatními. Švédský přírodovědec Carolus Linnaeus představil pravidla moderní přírodní klasifikace.

POTŘEBA KLASIFIKACE:

  1. S pomocí klasifikace se můžeme vědecky učit s menší námahou a časem o rostlinách a zvířatech světa. ’
  2. Když je známa klasifikace organismu (rostlina/zvíře) a identifikační znaky taxonů této klasifikace, můžeme snadno získat představu o vlastnostech tohoto konkrétního organismu.
  3. Neznámý organismus lze snadno označit a identifikovat srovnávacími studiemi podobných a odlišných charakteristik. Lze identifikovat škodlivé a prospěšné organismy.

Prostřednictvím srovnávacích studií, zejména strukturních charakteristik jakékoli rostliny nebo zvířete, je předmětem klasifikace zařazení tohoto organismu do kmene, třídy, řádu, rodinného rodu a druhu. Species je jednotková a nejnižší taxonomická kategorie.


Taxonomie, systematika a klasifikace

Následuje pojmenování a klasifikace organismů podle přísného souboru pravidel uvedených v mezinárodních kódech, např. mezinárodní kodex botanické nomenklatury. Tyto kódy určují, která jména mají pro konkrétní organismus přednost před jinými, jak je legálně popsat a jak se vypořádat s nomenklaturními problémy.

Taxonomie se týká systému navrženého pro rozdělení věcí do různých typů a toho, jak jsou uspořádány jedna k druhé. Klasifikace se týká skutečné klasifikace, která je nastavena pro skupinu věcí. Systematika je skutečná klasifikace jednotlivých věcí v taxonomickém rámci.

Klasifikace fosilních organismů

Snad nejnápadnější rys patrný při studiu živých organismů [Neontologie] je ohromná rozmanitost ve vnější formě, kterou může mít živá hmota. Ryby, velbloud, růže a nejsmrtelnější virus patří do stejného organického světa, ale rozdíly mezi lvem a domácí kočkou jsou zřejmé, i když je také možné zaznamenat velké množství podobných rysů. Na jiné úrovni mohou mít dvě skupiny tvorů více společných rysů než v opozici a nakonec lze najít dvě živá stvoření, která jsou ve všech základních rysech identická.

V každodenním životě tedy většina lidí zařazuje organickou hmotu do racionálních skupin. Vědec, který studuje buď živé organismy ( neontolog) nebo fosilní zbytky organismů ( paleontolog) používá podobnou, ale přesnější metodu klasifikace. Mimochodem, neontologie i paleontologie jsou různé aspekty biologie a oba druhy vědců sdílejí mnoho společného, ​​pokud jde o jejich znalosti a vzdělání. Stejně jako je neontologie aplikována na mnoho různých oborů od medicíny po virologii, tak se paleontologie vztahuje k různým žákům od stratigrafie po kriminalistiku.

Klasifikace organismů je založena na Linnaean System of Taxonomy, který se řídí mezinárodními kódy a rozděluje organismy do hierarchického souboru tříd založených na podobnostech a rozdílech. Ačkoli jsou použity mírně odlišné hierarchie, celkové výsledky jsou stejné bez ohledu na to, kdo používá Klasifikaci: organismy jsou seskupeny podle podobností a rozdílů. Přesnost je nutná ne z čistě estetického důvodu, ale proto, aby spolu vědci mohli komunikovat krátkým a přesným způsobem a aby informace o určitém stvoření mohly být získány z množství nahromaděných biologických dat s minimálním úsilím. Pokud například paleontolog objeví organismus, který mu není znám, může ve svém katalogu zkamenělin vyhledat ty pojmenované fosilie, které mají vlastnosti jeho nového nálezu. Tímto způsobem může zjistit, zda je jeho nálezem organismus nový pro vědu nebo ten, který byl popsán dříve. Pokud je pro vědu nový, jeho katalog by mu mohl říci, jaký je vztah jeho nálezu k evolučnímu vývoji organismů, pokud se zabývá již známou formou, jeho katalog mu prozradí všechny významné rysy jeho nálezu.

Stejně jako v každodenním životě hledáme podobnosti a rozdíly k určení jména a vztahu organismu, tak ve vědě se používá stejný přístup. Každá hlavní skupina organismů obsahuje členy vykazující podobné základní charakteristiky v rámci každé hlavní skupiny jsou podskupiny vykazující specializovanější rysy a tyto podskupiny samy jsou opět rozděleny do několika částí. Obecně platí, že jak se postupuje dále po stupnici, počet podobností se postupně zvyšuje. Studium tohoto rámce organických seskupení je taxonomie a každá skupina, bez ohledu na její hodnost v taxonomickém měřítku, se nazývá a taxon (množné číslo: Taxony). Nejvyšší taxon v taxonomii organismů je Království a nejnižší druh. Tato hierarchie biologických taxonů je uspořádána následujícím způsobem: od nejvyšší po nejnižší ..


Objasnění taxonu (množné taxony) - biologie

1. Culex pipiens je název druhu v KRÁLOVSTVÍ Animalia. Jeho další klasifikace je:

FYLUM
Arthropoda
TŘÍDA
Hmyz
OBJEDNAT
Diptera
RODINA
Culicidae
KMEN
Culicini
ROD
Culex
DRUH
Culex pipiens
DOPLNKY
Culex pipiens pipiens

2. Vědecké názvy poddruhů přes království jsou považovány za latinské, nikoli anglické. Skupiny (= taxony, singulární taxon) organismů z kmene přes království jsou všechny považovány za množné číslo: napište Culicidae jsou (ne Culicidae is), Diptera are (not Diptera is).

3. Jména Animalia, Arthropoda a Insecta jsou přeložena do angličtiny jako zvířata, členovci a hmyz. Název Diptera lze přeložit jako dipterans nebo jako mouchy. Příjmení Culicidae lze přeložit jako culicids nebo jako komáři. Není správné psát & quota Culicidae & quot: psát místo & quota culicid. & Quot

4. Vědecký název rodu je podstatné jméno v jednotném čísle. Vědecký název druhu je binomen (tj. Skládá se ze dvou slov). Vědecký název poddruhu je trojčlen (tj. Skládá se ze tří slov). Názvy rodů, druhů a poddruhů jsou konvenčně podtrženy nebo umístěny kurzívou.

5. Pravidla pro pojmenovávání zvířat (obratlovců a bezobratlých) stanoví Mezinárodní komise pro zoologickou nomenklaturu. Pravidla jsou zveřejněna v Mezinárodním kodexu zoologické nomenklatury a čas od času jsou revidována.

6. Pravidla pro pojmenování rostlin jsou zveřejněna v Mezinárodním kodexu botanické nomenklatury. Jsou zcela nezávislé na názvech zvířat, ale mají mnoho společných bodů, včetně použití latiny pro všechny vědecké názvy rostlin. Z důvodu úplné nezávislosti může být vědecký název rodu nebo druhu rostliny stejný jako název rodu nebo druhu zvířete. Jména vyšších taxonů rostlin (kmeny, čeledi, řády atd.) Nemají stejná zakončení jako zvířata. Příjmení rostlin obvykle končí na -aceae (ne -idae), názvy rostlin na -ales (liší se v názvech pořadí zvířat).

7. Slovo „rozmanitost“ znamená něco menšího než poddruh a v zoologické nomenklatuře nemá žádné formální postavení. V botanice však existují dvě formální kategorie pod úrovní poddruhů: jsou to odrůda (zkráceně var.) A forma (zkráceně f.).

8. Slovo „typ“ má v biologii zvláštní význam. Typ (tj. Typový druh) je druh, který byl v taxonomické literatuře označen jako typický pro rod. Typ (tj. Holotyp) je exemplář, který byl v taxonomické literatuře označen jako typický pro daný druh. Další informace najdete v učebnici taxonomie.

9. Slova „odrůda“ a „typ“ nepoužívají biologové stejným způsobem.


Úrovně klasifikace

Taxonomie (což doslovně znamená “jednotný zákon ”) je věda o pojmenování a seskupování druhů za účelem vytvoření mezinárodně sdíleného klasifikačního systému. Taxonomický klasifikační systém (také nazývaný Linnaean systém po jeho vynálezce, Carl Linnaeus, švédský přírodovědec) používá hierarchický model. Hierarchický systém má úrovně a každá skupina na jedné z úrovní zahrnuje skupiny na další nejnižší úrovni, takže na nejnižší úrovni každý člen patří do řady vnořených skupin. Analogií je vnořená řada adresářů na hlavní diskové jednotce počítače. Například v nejvíce inkluzivním seskupení vědci rozdělují organismy do tří domén: Bakterie, Archaea a Eukarya. V každé doméně je druhá úroveň nazývaná království. Každá doména obsahuje několik království. V rámci království jsou následujícími kategoriemi rostoucí specifičnosti: kmen, třída, řád, rodina, rod a druh.

Úrovně klasifikace domácího psa jsou například uvedeny na [obrázku 2]. Skupina na každé úrovni se nazývá taxon (množné číslo: taxony). Jinými slovy, pro psa je Carnivora taxonem na úrovni řádu, Canidae je taxonem na úrovni rodiny atd. Organismy mají také společný název, který lidé obvykle používají, například domácí pes nebo vlk. Každý název taxonu je velkými písmeny kromě druhů a názvy rodů a druhů jsou kurzívou. Vědci odkazují na organismus podle jeho rodových a druhových jmen dohromady, běžně nazývaných vědecký název nebo latinský název. Tento systém dvou jmen se nazývá binomická nomenklatura. Vědecký název vlka je tedy Canis lupus. Nedávné studie DNA domácích psů a vlků naznačují, že domácí pes je poddruh vlka, nikoli jeho vlastní druh, a proto je mu přidělen zvláštní název pro označení jeho stavu poddruhů, Canis lupus familiaris.

[Obrázek 2] také ukazuje, jak se taxonomické úrovně pohybují směrem ke specifičnosti. Všimněte si, jak v rámci domény najdeme psa seskupeného s nejširší rozmanitostí organismů. Patří sem rostliny a jiné organismy, které nejsou na obrázku, jako jsou houby a prvoky. V každém podúrovni se organismy stávají podobnějšími, protože jsou si více blízké. Než byla vyvinuta Darwinova evoluční teorie, přírodovědci někdy klasifikovali organismy pomocí libovolných podobností, ale protože evoluční teorie byla navržena v 19. století, biologové pracují na tom, aby klasifikační systém odrážel evoluční vztahy. To znamená, že všichni členové taxonu by měli mít společného předka a měli by k sobě mít bližší vztah než ke členům jiných taxonů.

Nedávná genetická analýza a další pokroky zjistily, že některé dřívější taxonomické klasifikace neodrážejí skutečné evoluční vztahy, a proto je třeba provádět změny a aktualizace, protože dochází k novým objevům. Jedním dramatickým a nedávným příkladem bylo rozbití prokaryotických druhů, které až do 70. let 20. století byly všechny klasifikovány jako bakterie. K jejich rozdělení na Archaea a Bacteria došlo po uznání, že jejich velké genetické rozdíly odůvodňují jejich rozdělení na dvě ze tří základních větví života.

Art Connection

Obrázek 2: Na každém podúrovni v systému taxonomické klasifikace se organismy více podobají. Psi a vlci jsou stejného druhu, protože mohou chovat a produkovat životaschopné potomstvo, ale jsou natolik odlišní, že je lze klasifikovat jako různé poddruhy. (kredit “plant ”: úprava díla “berduchwal ”/Flickr kredit “insect ”: úprava práce od Jon Sullivan kreditu “fish ”: úprava práce od kreditu Christiana Mehlführera “rabbit &# 8221: úprava díla kreditu Aidana Wojtase “cat ”: úprava díla kreditu Jonathana Lidbecka “fox ”: úprava díla Kevina Bachera, kredit NPS “jackal ”: úprava díla Thomase A. Hermann, NBII, USGS kredit “wolf ” modifikace díla Robert Dewar credit “dog ”: modifikace díla “digital_image_fan ”/Flickr)

V jakých úrovních jsou kočky a psi považováni za součást stejné skupiny?


Mikrobiom ve zdraví a nemoci

3.4 Sparity s přebytečnými nulami-přehnané a nulové problémy

U údajů o počtu taxonů, ať už jde o čtení taxonomií, nebo o počty OTU z experimentů sekvenování amplikonů v mikrobiomových studiích nebo údaje o diferenciální expresi z experimentů se sekvenováním RNA, se na sparnost považuje nepřítomnost mnoha taxonů ve vzorcích a ve většině experimentů se generují nuly. Hojnost taxonů mikrobiomu, zejména početnost taxonů na nižších taxonomických úrovních nebo počtech OTU, má často mnoho nul a pravoúhlých zkosení. 4,16,47 Důvody, proč v mikrobiomových datech existuje mnoho nul, mohou být dány samotnou strukturou a vzorkováním (např. Biologickou a technickou variabilitou), takže v mikrobiomových datech se často objevují jak strukturální nuly, tak nulové vzorky. 39,48

Nulové a malé hodnoty jsou jedním z hlavních zdrojů řídkosti. Sparity je také dáno skutečností: velikosti knihoven sekvenování DNA nebo RNA jsou velmi odlišné. Řídká mikrobiomová data s mnoha nulami vedou k tomu, že se proporce počtu OTU (taxonů) mění více, než se očekávalo při předpokládané společné multinomiální regresi, jako je například Poissonův model, což má za následek nadměrně rozptýlené a nulově nafouknuté problémy.

Sparzita je ústřední výzvou při analýze dat sekvence 16S rRNA. 49 Otázky řídkosti s mnoha nulami jsou ústředním tématem analýzy mikrobiomových dat. Modelování těchto druhů dat představuje pro tradiční statistické nástroje řadu výzev. Některé kritické výzvy modelování řídkých dat s mnoha nulami jsme popsali v kapitole „Co jsou mikrobiomová data?“ od Xia et al. 16 Souhrnně lze říci, že kritické výzvy (1) vylučují parametrické modely pro přesné odhady rozptylu pro smysluplné závěry a dokonce činí takové odhady v podstatě nemožné u vzorků, které se skládají převážně z nul. (2) Když jsou taxony řídké s mnoha nulami, obě distribuce z četnosti taxonů nebo OTU a pravděpodobnost výskytu taxonů nebo OTU jsou zkosené, což má za následek nulovou inflaci. Hojnost taxonů s přebytečnými nulami tedy nelze správně analyzovat žádným standardním parametrickým modelem, jako je normální, binomická, Poissonova, negativně binomická a beta distribuce. (3) Rovněž zneplatňuje neparametrické metody. Neparametrické metody jsou založeny na hodnostech nebo mediánech, jsou tedy obecně necitlivé nebo „robustnější“ vůči odlehlým hodnotám a vyhýbají se odhadům odchylek, které mohou být zkosené řídkými vzorky. V případech, kdy mnoho taxonů má mnoho nul a málo dostupných vzorků, je provádění odvozování taxonů s nízkým výskytem pomocí neparametrických metod nedostatečné.


Objasnění taxonu (množné taxony) - biologie

Na konci této části budete moci provést následující:

  • Diskutujte o potřebě komplexního systému klasifikace
  • Seznam různých úrovní systému taxonomické klasifikace
  • Popište, jak systematika a taxonomie souvisí s fylogenezí
  • Diskutujte o součástech a účelu fylogenetického stromu a#8217s

Z vědeckého hlediska je fylogeneze evoluční historií a vztahem organismu nebo skupiny organismů. Fylogeneze popisuje organizační vztahy, například ze kterých organismů se mohla vyvinout nebo s jakým druhem je nejblíže příbuzný. Fylogenetické vztahy poskytují informace o sdíleném původu, ale ne nutně o tom, jak jsou si organismy podobné nebo odlišné.

Fylogenetické stromy

Vědci používají nástroj zvaný fylogenetický strom, aby ukázali vývojové cesty a spojení mezi organismy. Fylogenetický strom je diagram používaný k vyjádření evolučních vztahů mezi organismy nebo skupinami organismů. Vědci považují fylogenetické stromy za hypotézu evoluční minulosti, protože se nelze vrátit k potvrzení navrhovaných vztahů. Jinými slovy, můžeme zkonstruovat „strom života“ pro ilustraci vývoje různých organismů a pro ukázání vztahů mezi různými organismy ((obrázek)).

Na rozdíl od taxonomického klasifikačního diagramu můžeme fylogenetický strom číst jako mapu evoluční historie. Mnoho fylogenetických stromů má na základně jedinou linii, která představuje společného předka. Vědci nazývají takové stromy zakořeněné, což znamená, že existuje jediná rodová linie (obvykle kreslená zespodu nebo zleva), ke které se vztahují všechny organismy zastoupené v diagramu. Všimněte si v zakořeněném fylogenetickém stromu, že tři domény - bakterie, archaea a eukarya - se rozcházejí v jednom bodě a větví se. Malá větev, kterou rostliny a zvířata (včetně lidí) zaujímají v tomto diagramu, ukazuje, jak nedávné a nepatrné jsou tyto skupiny ve srovnání s jinými organismy. Nekořeněné stromy nevykazují společného předka, ale ukazují vztahy mezi druhy.

Obrázek 1. Oba tyto fylogenetické stromy ukazují vztah mezi třemi doménami života - bakteriemi, archaea a eukarya - ale (a) kořenový strom se pokouší identifikovat, když se různé druhy odchýlily od společného předka, zatímco strom (b) nekořenovaný ne. (zápočet a: úprava díla Erica Gaba)

V kořenovém stromu větvení naznačuje evoluční vztahy ((obrázek)). Bod, ve kterém dochází k rozdělení, bod větve, představuje místo, kde se jedna linie vyvinula ve zřetelně novou. Řádek, který se vyvinul brzy z kořene, který zůstává nerozvětvený, nazýváme bazální taxon. Nazýváme dvě linie pocházející ze stejného bodu sesterského taxonu. Větev s více než dvěma liniemi je polytomie a slouží k ilustraci, kde vědci definitivně neurčili všechny vztahy. Všimněte si toho, že ačkoli sesterské taxony a polytomie sdílejí předka, neznamená to, že se skupiny organismů rozdělily nebo se vyvinuly jeden od druhého. Organismy ve dvou taxonech se mohly rozdělit v určitém bodě větve, ale žádný taxon nedal vzniknout druhému.

Obrázek 2. Fylogenetický strom a kořen#8217s naznačuje, že rodová linie dala vzniknout všem organismům na stromě. Bod větve udává, kde se dvě linie rozcházejí. Počáteční linie, která se vyvinula a zůstává nerozvětvená, je bazální taxon. Když dvě linie pocházejí ze stejného bodu větve, jedná se o sesterské taxony. Větev s více než dvěma liniemi je polytomie.

Výše uvedené diagramy mohou sloužit jako cesta k pochopení evoluční historie. Můžeme vysledovat cestu od vzniku života k jakémukoli jednotlivému druhu navigací evolučními větvemi mezi dvěma body. Rovněž tím, že začnete s jediným druhem a budete pokračovat zpět k “trunk ” stromu, můžete objevit druhy ’ předky, stejně jako kde linie mají společný původ. Kromě toho můžeme strom použít ke studiu celých skupin organismů.

Dalším bodem, který je třeba zmínit o fylogenetické stromové struktuře, je to, že rotace v bodech větví nemění informace. Pokud by se například bod větve otočil a změnil se pořadí taxonů, nezměnilo by to informace, protože každý vývoj taxonu z bodu větve byl nezávislý na druhém.

Mnoho oborů v rámci studia biologie přispívá k pochopení toho, jak se v průběhu času vyvíjel minulý a současný život, tyto disciplíny společně přispívají k budování, aktualizaci a udržování „stromu života“. Systematika je oblast, kterou vědci používají k organizaci a klasifikaci organismů na základě evolučních vztahů. Výzkumníci mohou použít data ze zkamenělin, ze studia struktur částí těla nebo molekul, které organismus používá, a z analýzy DNA. Kombinací dat z mnoha zdrojů mohou vědci sestavit fylogenezi organismu Jelikož fylogenetické stromy jsou hypotézami, budou se nadále měnit, protože výzkumníci objevují nové typy života a učí se nové informace.

Omezení fylogenetických stromů

Může být snadné předpokládat, že bližší příbuzné organismy vypadají více podobně, a přestože tomu tak často je, není to vždy pravda. Pokud se za výrazně odlišného prostředí vyvinuly dvě blízce příbuzné linie, je možné, že se tyto dvě skupiny budou zdát odlišnější než jiné skupiny, které spolu tak úzce nesouvisí. Fylogenetický strom na (Obrázek) například ukazuje, že ještěrky a králíci mají plodová vajíčka, zatímco žáby ne. Přesto se ještěrky a žáby zdají být podobnější než ještěrky a králíci.

Obrázek 3. Organismus, kterému chyběly kořeny páteře, tento žebříčkový fylogenetický strom obratlovců. V každém bodě větve vědci umisťují organismy s různými znaky do různých skupin na základě sdílených charakteristik.

Dalším aspektem fylogenetických stromů je to, že pokud není uvedeno jinak, větve nepočítají s délkou času, pouze s evolučním řádem. Jinými slovy, větev ’s délka obvykle neznamená více času, ani krátká větev neznamená méně času - pokud není uvedeno v diagramu. Například na (obrázek) strom neuvádí, kolik času uplynulo mezi vývojem plodových vajec a vlasů. Strom ukazuje, v jakém pořadí se věci děly. Opět pomocí (obrázek) strom ukazuje, že nejstarším znakem je páteř, následují sklopné čelisti atd. Pamatujte, že jakýkoli fylogenetický strom je součástí většího celku a jako skutečný strom neroste pouze jedním směrem po vývoji nové větve. U organismů na (obrázek) tedy to, že se vyvinula páteř, neznamená, že evoluce bezobratlých přestala. Znamená to jen, že se vytvořila nová větev. Také skupiny, které nejsou v blízkém vztahu, ale vyvíjejí se za podobných podmínek, se mohou navzájem více podobat fenotypu než blízkému příbuznému.

Odkaz na učení

Navštivte tento web a podívejte se na interaktivní cvičení, která vám umožní prozkoumat evoluční vztahy mezi druhy.

Úrovně klasifikace

Taxonomie (což doslova znamená „aranžovací zákon“) je věda o klasifikaci organismů za účelem vytvoření mezinárodně sdílených klasifikačních systémů, přičemž každý organismus je zařazen do stále inkluzivnějších skupin. Přemýšlejte o organizaci obchodu s potravinami a#8217s. Jeden velký prostor je rozdělen na oddělení, jako jsou produkce, mlékárna a maso. Poté se každé oddělení dále rozdělí do uliček, pak každé uličky do kategorií a značek a nakonec na jeden produkt. Tuto organizaci nazýváme od větších po menší, konkrétnější kategorie hierarchickým systémem.

Taxonomický klasifikační systém (po svém vynálezci Carlu Linnéovi, švédském botanikovi, zoologovi a lékaři) nazývaném také Linnaeanský systém, používá hierarchický model. Pohybující se z místa původu se skupiny stávají konkrétnějšími, dokud jedna větev nekončí jako jeden druh. Například po společném začátku veškerého života vědci rozdělují organismy do tří velkých kategorií nazývaných domény: Bakterie, Archaea a Eukarya. V každé doméně je druhá kategorie zvaná království. Po královstvích následují následující kategorie rostoucí specifičnosti: kmen, třída, řád, rodina, rod a druh ((obrázek)).

Obrázek 4. Systém taxonomické klasifikace používá hierarchický model k uspořádání živých organismů do stále specifičtějších kategorií. Společný pes Canis lupus familiaris je poddruh Canis lupus, který zahrnuje také vlka a dinga. (zápočet „pes“: úprava díla Janneke Vreugdenhil)

Království Animalia pochází z domény Eukarya. (Obrázek) výše ukazuje klasifikaci běžného psa. Celé jméno organismu má tedy technicky osm výrazů. Pro psa jsou to: Eukarya, Animalia, Chordata, Mammalia, Carnivora, Canidae, Canis, a lupus. Všimněte si, že každé jméno je velké, s výjimkou druhů, a názvy rodů a druhů jsou psány kurzívou. Vědci obecně označují organismus pouze podle jeho rodu a druhu, což je jeho dvouslovný vědecký název, nebo binomické názvosloví. Vědecký název psa je proto Canis lupus. Název na každé úrovni je také taxon. Jinými slovy, psi jsou v pořádku Carnivora. Carnivora je název taxonu na úrovni řádu Canidae je taxon na úrovni rodiny atd. Organismy mají také společný název, který lidé obvykle používají, v tomto případě pes. Všimněte si, že pes je navíc poddruh: „familiaris" v Canis lupus familiaris. Poddruhy jsou členy stejného druhu, které jsou schopné páření a reprodukce životaschopných potomků, ale jsou to samostatné poddruhy kvůli geografické nebo behaviorální izolaci nebo jiným faktorům.

(Obrázek) ukazuje, jak se úrovně pohybují směrem ke specifičnosti s jinými organismy. Všimněte si, jak pes sdílí doménu s nejširší rozmanitostí organismů, včetně rostlin a motýlů. V každém podúrovni se organismy stávají podobnějšími, protože jsou si více blízké. Historicky vědci klasifikovali organismy pomocí charakteristik, ale jak se vyvíjela technologie DNA, určili přesnější fylogenie.

Art Connection

Obrázek 5. Na každém podúrovni taxonomického klasifikačního systému se organismy více podobají. Psi a vlci jsou stejného druhu, protože mohou chovat a produkovat životaschopné potomstvo, ale jsou natolik odlišní, že je lze klasifikovat jako různé poddruhy. . kredit „kočka“: úprava díla Jonathana Lidbecka kredit „liška“: úprava díla Kevina Bachera, kredit NPS „šakal“: úprava díla Thomase A. Hermanna, NBII, USGS kredit „vlk“: úprava díla od Robert Dewar kredit „pes“: úprava díla “digital_image_fan ”/Flickr)

At what levels are cats and dogs part of the same group?

Cats and dogs are part of the same group at five levels: both are in the domain Eukarya, the kingdom Animalia, the phylum Chordata, the class Mammalia, and the order Carnivora.

Odkaz na učení

Visit this website to classify three organisms—bear, orchid, and sea cucumber—from kingdom to species. To launch the game, under Classifying Life, click the picture of the bear or the Launch Interactive button.

Recent genetic analysis and other advancements have found that some earlier phylogenetic classifications do not align with the evolutionary past therefore, researchers must make changes and updates as new discoveries occur. Připomeňme, že fylogenetické stromy jsou hypotézy a mění se, jakmile jsou data k dispozici. Klasifikace se navíc historicky zaměřuje na seskupování organismů hlavně podle sdílených charakteristik a nemusí nutně ilustrovat, jak k sobě různé skupiny z evolučního hlediska souvisejí. For example, despite the fact that a hippopotamus resembles a pig more than a whale, the hippopotamus may be the whale’s closest living relative.

Shrnutí sekce

Scientists continually gain new information that helps understand the evolutionary history of life on Earth. Each group of organisms went through its own evolutionary journey, or its phylogeny. Each organism shares relatedness with others, and based on morphologic and genetic evidence, scientists attempt to map the evolutionary pathways of all life on Earth. Historically, scientists organized organisms into a taxonomic classification system. However, today many scientists build phylogenetic trees to illustrate evolutionary relationships.

Art Connections

(Figure) At what levels are cats and dogs considered part of the same group?

(Figure) Cats and dogs are part of the same group at five levels: both are in the domain Eukarya, the kingdom Animalia, the phylum Chordata, the class Mammalia, and the order Carnivora.

Kontrolní otázky

What is used to determine phylogeny?

What do scientists in the field of systematics accomplish?

  1. discover new fossil sites
  2. organize and classify organisms
  3. name new species
  4. communicate among field biologists

Which statement about the taxonomic classification system is correct?

  1. There are more domains than kingdoms.
  2. Kingdoms are the top category of classification.
  3. Classes are divisions of orders.
  4. Subspecies are the most specific category of classification.

On a phylogenetic tree, which term refers to lineages that diverged from the same place?

Odpověď zdarma

How does a phylogenetic tree relate to the passing of time?

The phylogenetic tree shows the order in which evolutionary events took place and in what order certain characteristics and organisms evolved in relation to others. It does not relate to time.

Some organisms that appear very closely related on a phylogenetic tree may not actually be closely related. Proč je to?

In most cases, organisms that appear closely related actually are however, there are cases where organisms evolved through convergence and appear closely related but are not.